Cansado de perder, Shao Kahn decide invadir la Tierra por las malas, de manera imprevista y de la peor forma, logrando absorber gran parte del reino fusionándolo con el suyo. El emperador quería conquistar EarthRealm a toda costa y el único modo de adquirir acceso a dicho reino era con la ayuda de su difunta esposa, la única que tenía la habilidad de abrir los portales que lo llevaría a ello.


Edenia, tierra tomada y absorbida por OutWorld anteriormente, tenía una reina llamada Sindel (madre de la princesa Kitana), fallecida sin causa alguna. La difunta esposa de Shao Kahn había sido revivida pero en EarthRealm, gracias a los poderes de Shang Tsung para ella habilitar el paso hacia la Tierra. Sin embargo, no era la misma edeniana bondadosa, sino una despiadada asesina, protegida por Sheeva si alguien se atrevía a atacarla. A la par, el hechicero decide clonar a Kitana (una mezcla de ella y sangre tarkatan) por si la princesa llegase a saber que en realidad Shao Kahn no es su padre siendo él mismo quien se encargó de destrozar su reino natal. Así nace Mileena y se tornan enemigas tras saber el secreto oscuro que se resguarda.


Tras la instalación del OutWorld en EarthRealm, cada alma es condenada a ser apoderada. Las únicas que no pudieron ser "reclamadas" son la de los kombatientes, al ser protegidas por Raiden. Para la búsqueda y liquidación de éstos sobrevivientes refugiados, se envía un ejército de centauros (mitad humano - mitad équido). Una estampida de destrucción que logró llevarse a Johnny Cage.
Mientras tanto, Reptile y Jade son enviados a buscar a Kitana para ser ejecutada, sin embargo, su gran amiga no le faltaría lealtad, por ende decide quedarse con ella para ayudarla a liberar a Sindel tras saber la verdad de su padre-adoptivo y asesino.


Un nativo americano fué quien resguardó a los demás kombatientes, reuniéndolos para informarles de lo que estaba pasando: NightWolf fué quien les advirtió que el plan que lograron saber previamente Jax y Sonya desde OutWorld era cierto (la invasión). Pero las Fuerzas Especiales no habían sido escuchadas, por ende, al teniente Briggs no le quedó de otra que, desde su posición, hacer todo lo posible para efectuar el contraataque. Logró prepararse e instalarse unos brazos biónicos que lo ayudarían a adquirir más fuerza de la natural... El resto de los kombatientes, tras ver cómo podían hacerle frente a la situación general, finalmente planificaron su ataque y defensa de la Tierra contra el InfraMundo. Así se inicia un nuevo pseudo-torneo, el 3ro con la ayuda de otros nuevos participantes como Stryker y Kabal que no podían quedarse de brazos cruzados ante terrible suceso local. Y enfrentándonse a nuevos enemigos como Rain (quien tras la conquista de Edenia se unió a sus atacantes para no ser exterminado) y Ermac (creación física con almas de guerreros extintos), fueron quienes decidieron apoyar el lado del mal, como otros anteriores y nuevamente presentes: Kano.

A la par de ésta situación, el sobreviviente Sub-Zero (Kuai Liang, hermano menor de Bi Han) se ve obligado a luchar "solo", junto a los otros terrícolas pero sin el apoyo de su propio klan Lin Kuei. Quienes habían formado parte de un experimento que los convertía en robots-asesinos sin piedad, por ende, sin alma. Sub-Zero en total desacuerdo con éste proyecto, escapa antes de que sus ex-aliados (Cyrax y Sektor) lo liquiden por su traición de abstenerse a ser uno de ellos. Se había dado a la fuga junto a su compañero Smoke, pero éste logra ser atrapado y transformado. Al lograr escapar, Sub-Zero desenmascarado e irreconocible para no ser capturado, se dispone el ayudar a salvar la Tierra.
Sorpresiva e inesperadamente, su hermano mayor fallecido y revivido como un ser maligno (Noob Saibot) vuelve como el Sub-Zero ninja enmascarado, aunque quizás ya su alma no sea la de antes. Lo único seguro sería sú propósito de matar a Shang Tsung.


Tras sus experiencias en el Mortal Kombat, los guerreros shaolin se habían propuesto entrenar a nuevas generaciones de luchadores, logrando así preparar a futuros defensores de la Tierra. Sin embargo, ninguno aún estaba listo del todo para la invasión repentina de Shao Kahn y sus aliados. Por ende, sólo Liu Kang y Kung Lao son los que se presentan y se disponen a batallar contra la oscuridad que les trajo el OutWorld.


Tras la muerte de Kung Lao en plena batalla, Liu Kang toma ímpetu, todo su poder y furia para lograr (por 3ra vez) derrotar al emperador, logrando así liberar a la Tierra del InfraMundo. Tras la limpieza del alma de Sindel de todo mal, la reina vuelve a su anterior pacífica vida con su hija Kitana, recuperando lo que queda de Edenia.